با توجه به نقش و اهمیت هیات امناء در دانشگاه ها ، ضرورت ایجاد ساختاری با شرح وظایف و اهداف مشخص را در دانشگاههابوجود آورده است. این مهم با تصویب ساختار تشکیلاتی ( نمودار سازمانی )، شرح وظایف و پست های سازمانی توسط هیاتهای امناء و ایجاد دبیرخانه دائمی هیات امناء در این موسسات در سال ۹۰-۱۳۸۹ با هماهنگی مرکز تحول اداری وزارت متبوع نهادینه گردید.  مسئول پیگیری و هماهنگی در انجام تکالیف و مصوبات بعنوان بازوی ناظر و محیطی هیات امناء در تصدی پست رئیس این دبیرخانه، تعیین و توسط هیات امناء در سطح  دانشگاه انتخاب و تایید گردید تا با نظارت بر حسن اجرای مصوبات و تکالیف  بعنوان مشاور رئیس دانشگاه  نیز حضور و فعالیت داشته باشد. تشکیلات دبیرخانه (رئیس و کارشناسان آن) با انسجام در اقدامات و ایجاد تعامل و ارتباط با دبیرخانه مرکزی هیات امناء مستقر در ستاد وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی نقش اساسی در توسعه، بهینه‌سازی، اجرایی شدن مصوبات و به سرانجام رسانیدن تکالیف جلسات و نیز ارزیابی اقدامات و تصمیم گیریها را با هماهنگی ریاست دانشگاه و ارتباط مستمر با اعضای هیات امنا  دارند.